PHPのサンプルコードでの環境設定

お世話になります。
「サンプル（FuelPHP）」のページより環境設定をしているのですが、不明な部分があり質問させてください。

質問
ダウンロードした「app-template-fuel-master」について、「はじめに - ダウンロード」にある設定までは完了しました。
そのあと、このフォルダ下のファイルはインストールした「fuelphp」の直下に上書き保存すればよろしいのでしょうか。

まずはPHPのサンプルコードを利用してアクセストークンがとれるまでの設定をしたいと思っておりますので、
わかりづらい質問で大変恐縮ですが、ご回答いただけると助かります。